Le coppie di basi o paia di basi (abbreviate come pb o, dall’inglese base pair, bp o bps) sono comunemente utilizzate come misura della lunghezza fisica di sequenze di acidi nucleici a doppio filamento. Spesso, data la grande dimensione dei genomi, viene utilizzata l’unit√† kbp (k sta per kilo), pari a mille paia di basi. Il numero di paia di basi rappresenta il numero di coppie di basi azotate che contiene il filamento in analisi.